Управление в ГБУ РС (Я) «РССШОР в г. Покровск» осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации, Уставом и строится на принципах единоначалия и коллегиальности. Единоличным исполнительным органом ГБУ РС (Я) «РССШОР в г. Покровск» является руководитель образовательной организации – директор школы, который осуществляет текущее руководство деятельностью образовательной организации. В ГБУ РС (Я) «РССШОР в г. Покровск» создан педагогический совет, как коллегиальный орган управления.